Après l'attaque d'un bateau de pêche, le seul membre d'équipage survivant se rend compte que ce n'est autre qu'un Godzilla ressuscité. Cependant, les efforts pour faire la lumière sur l'histoire sont réprimés par le gouvernement japonais au milieu des tensions politiques croissantes entre les États-Unis et l'Union soviétique, qui sont tous deux prêts à bombarder le Japon pour arrêter le monstre.
Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.
Malgré leur multiples alliances, l'armée du Japon et Godzilla sont toujours ennemis. L'armée décide donc de construire un nouveau Mechagodzilla. Malheureusement, celui-ci subit des pannes toutes les 10 minutes. L'armée est donc obligée de reprendre le modèle original, qui se révolte et qui part attaquer Godzilla.
Quand Biollante meurt, son corps dérive dans l'espace et tombe sur une planête où un lézard mange ses restes. Mais ce lézard trouvera sur Biollante le sang que Godzilla a perdu lors de leur combat. Le lézard boit le sang et subit des radiations qui le transforme en un nouveau Godzilla. "Space Godzilla" se dirige vers la terre, et détruit Tokyo. Alors que Godzilla comptait détruire Tokyo, il trouve Space Godzilla. Un combat de titan s'engage entre les deux monstres, que Godzilla remportera. On suppose que Space Godzilla est mort.
Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population.
Un nouveau Mothra prend son envol et doit combattre Death Ghidora pour sauver l'humanité.
Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population.
Un étrange monstre né de la pollution hante les eaux du Japon et attaque les bateaux. La créature grandit de plus en plus et gagne la terre ferme, répandant des vapeurs toxiques mortelles. L'armée et Godzilla doivent joindre leurs efforts pour tenter d'éliminer la créature...
L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...
Quand Biollante meurt, son corps dérive dans l'espace et tombe sur une planête où un lézard mange ses restes. Mais ce lézard trouvera sur Biollante le sang que Godzilla a perdu lors de leur combat. Le lézard boit le sang et subit des radiations qui le transforme en un nouveau Godzilla. "Space Godzilla" se dirige vers la terre, et détruit Tokyo. Alors que Godzilla comptait détruire Tokyo, il trouve Space Godzilla. Un combat de titan s'engage entre les deux monstres, que Godzilla remportera. On suppose que Space Godzilla est mort.
Il s'agit d'un remontage du premier Godzilla pour le marché américain. Ce second montage minimise l’implication des essais nucléaires américains dans la création du monstre Des bateaux disparaissent mystérieusement sur les côtes du Japon. Steve Martin, un reporter américain, décide d'enquêter sur l’affaire. Au même moment, les insulaires de la petite île Odo redoutent la colère de Godzilla, un monstre marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Leur village est complètement détruit. Le professeur Yamane découvre des traces de radioactivité dans le sol et en conclut que le monstre a été irradié par l'arme atomique...
Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour tuer King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.
Aujourd'hui, l'équipe de militaires et de scientifiques spécialement désignée pour annihiler Godzilla pense avoir trouvé la solution : aspirer ce dernier dans un trou noir miniature, le confinant ainsi dans une prison dont il ne pourra plus jamais s'échapper. Mais après un premier essai à première vue réussi, un petit imprévu survient alors que toute l'équipe a déjà plié bagages. Le trou noir ne s'étant, malgré les apparences, pas tout à fait refermé, un énorme insecte ailé en émerge et pond un œuf avant de repartir. Un enfant s'en empare et, par un concours de circonstances, est amené à le cacher dans les égouts. L'œuf finit par éclore et bientôt, une gigantesque méganula arpente la ville à la recherche de nourriture.
Malgré leur multiples alliances, l'armée du Japon et Godzilla sont toujours ennemis. L'armée décide donc de construire un nouveau Mechagodzilla. Malheureusement, celui-ci subit des pannes toutes les 10 minutes. L'armée est donc obligée de reprendre le modèle original, qui se révolte et qui part attaquer Godzilla.
Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.
Les aliens de la troisième planète du Trou noir récupèrent la carcasse de MechaGodzilla dans le but de le lancer une nouvelle fois contre Godzilla, le protecteur de la Terre. Le robot malfaisant sera aidé par le Titanosaurus, un dinosaure contrôlé par des scientifiques.
Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
L'alliance terrestre s'affaiblit, et Haruo envisage de rejoindre les Exif, dont le culte funeste cherche à invoquer un monstre capable de détruire le monde.
Dans la ville minière de Kitamatsu, les ouvriers craignent pour leurs vies. Le puits est devenu trop profond, causant inondation et éboulements dans les boyaux d'extraction. Deux mineurs disparaissent alors dans les sous-sols, puis les policiers partis à leur secours sont retrouvés mutilés. La nuit, Shigeru et Kyo, deux proches de l'un des disparus, sont attaqués par un monstre provenant de la mine...
Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...
Version japonaise.Tako, directeur de la publicité de Pacific Pharmaceuticals, est frustré par les faibles cotes d'écoute de leur programme télévisé sponsorisé. Cherchant une approche plus sensationnaliste, il ordonne à son personnel de se rendre sur l'île de Faro, capturant Kong pour l'utiliser comme un outil de marketing. Alors que Godzilla réémerge, une frénésie médiatique se produit avec Tako qui cherche à capitaliser sur le match de lutte ultime.
47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...
Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.
Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attraction pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et son ami Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.
