Après l'attaque d'un bateau de pêche, le seul membre d'équipage survivant se rend compte que ce n'est autre qu'un Godzilla ressuscité. Cependant, les efforts pour faire la lumière sur l'histoire sont réprimés par le gouvernement japonais au milieu des tensions politiques croissantes entre les États-Unis et l'Union soviétique, qui sont tous deux prêts à bombarder le Japon pour arrêter le monstre.
Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.
Un œuf géant est mis à jour sur l'île de Infant Island. Les personnes envoyées sur place font la connaissance des deux Cosmos, femmes lilliputiennes télépathes. Ces dernières expliquent que l'œuf est celui de Mothra, le défenseur de Gaia. Mais pendant son transfert maritime vers le Japon, l'œuf est attaqué par Godzilla, et éclot rapidement pour libérer la larve de Mothra. Dans le même temps, une autre larve, celle de Battra, se joint au combat. Mothra réussit à s'échapper, pendant que Godzilla et Battra sont engloutis dans une faille sous-marine.
Malgré leur multiples alliances, l'armée du Japon et Godzilla sont toujours ennemis. L'armée décide donc de construire un nouveau Mechagodzilla. Malheureusement, celui-ci subit des pannes toutes les 10 minutes. L'armée est donc obligée de reprendre le modèle original, qui se révolte et qui part attaquer Godzilla.
Quand Biollante meurt, son corps dérive dans l'espace et tombe sur une planête où un lézard mange ses restes. Mais ce lézard trouvera sur Biollante le sang que Godzilla a perdu lors de leur combat. Le lézard boit le sang et subit des radiations qui le transforme en un nouveau Godzilla. "Space Godzilla" se dirige vers la terre, et détruit Tokyo. Alors que Godzilla comptait détruire Tokyo, il trouve Space Godzilla. Un combat de titan s'engage entre les deux monstres, que Godzilla remportera. On suppose que Space Godzilla est mort.
Aujourd'hui, l'équipe de militaires et de scientifiques spécialement désignée pour annihiler Godzilla pense avoir trouvé la solution : aspirer ce dernier dans un trou noir miniature, le confinant ainsi dans une prison dont il ne pourra plus jamais s'échapper. Mais après un premier essai à première vue réussi, un petit imprévu survient alors que toute l'équipe a déjà plié bagages. Le trou noir ne s'étant, malgré les apparences, pas tout à fait refermé, un énorme insecte ailé en émerge et pond un œuf avant de repartir. Un enfant s'en empare et, par un concours de circonstances, est amené à le cacher dans les égouts. L'œuf finit par éclore et bientôt, une gigantesque méganula arpente la ville à la recherche de nourriture.
Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...
Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour tuer King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.
Un œuf géant est mis à jour sur l'île de Infant Island. Les personnes envoyées sur place font la connaissance des deux Cosmos, femmes lilliputiennes télépathes. Ces dernières expliquent que l'œuf est celui de Mothra, le défenseur de Gaia. Mais pendant son transfert maritime vers le Japon, l'œuf est attaqué par Godzilla, et éclot rapidement pour libérer la larve de Mothra. Dans le même temps, une autre larve, celle de Battra, se joint au combat. Mothra réussit à s'échapper, pendant que Godzilla et Battra sont engloutis dans une faille sous-marine.
Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.
Un étrange monstre né de la pollution hante les eaux du Japon et attaque les bateaux. La créature grandit de plus en plus et gagne la terre ferme, répandant des vapeurs toxiques mortelles. L'armée et Godzilla doivent joindre leurs efforts pour tenter d'éliminer la créature...
Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.
Il s'agit d'un remontage du premier Godzilla pour le marché américain. Ce second montage minimise l’implication des essais nucléaires américains dans la création du monstre Des bateaux disparaissent mystérieusement sur les côtes du Japon. Steve Martin, un reporter américain, décide d'enquêter sur l’affaire. Au même moment, les insulaires de la petite île Odo redoutent la colère de Godzilla, un monstre marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Leur village est complètement détruit. Le professeur Yamane découvre des traces de radioactivité dans le sol et en conclut que le monstre a été irradié par l'arme atomique...
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre...
La guerre est finie, mais le combat est loin d'être terminé pour Shikishima, pilote rongé par la culpabilité. Peut-il se pardonner et aider à sauver le Japon de la furie de Godzilla ?
Quand Biollante meurt, son corps dérive dans l'espace et tombe sur une planête où un lézard mange ses restes. Mais ce lézard trouvera sur Biollante le sang que Godzilla a perdu lors de leur combat. Le lézard boit le sang et subit des radiations qui le transforme en un nouveau Godzilla. "Space Godzilla" se dirige vers la terre, et détruit Tokyo. Alors que Godzilla comptait détruire Tokyo, il trouve Space Godzilla. Un combat de titan s'engage entre les deux monstres, que Godzilla remportera. On suppose que Space Godzilla est mort.
L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue de Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu et décide de créer un bio-robot à partir du mélange de la technologie de pointe et de l'ADN prélevé sur les restes du tout premier Godzilla. Akane Yashiro est nommée pilote.
Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.
Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.
Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...
L'alliance terrestre s'affaiblit, et Haruo envisage de rejoindre les Exif, dont le culte funeste cherche à invoquer un monstre capable de détruire le monde.
