Dans un avenir proche, des créatures nommées "Huge" apparaissent sur Terre et menacent de détruire la planète. Dans le but de contrer cette menace, l'humanité met au point une arme nommée CHARM, combinant la science et la magie. Certaines jeunes femmes, que l'on nomme Lily, semblent pouvoir se synchroniser avec cette arme et ainsi l'utiliser à son maximum. L'institut de formation Lily «Garden» a donc été créé dans diverses régions du monde pour protéger et guider les hommes. Ainsi, nous suivons un groupe de jeunes adolescentes se battant pour la suivie de l'humanité.
Automne 2007, un mois avant le festival du lycée, Haruki Kitahara voit se décomposer le club de musique dans lequel il était guitariste remplaçant. Comme un chant du cygne, il entame un dernier morceau à la guitare. À ses dernières notes se mêlent alors celles du piano de la salle voisine, puis une voix féminine mélodieuse.
Kôjirô Shindô travaille pour le ministère des Affaires étrangères. Tandis qu’il part en voyage d’affaires en avion, un mystérieux cube apparaît dans le ciel, absorbant l’appareil et tous ses passagers. Ce cube porte un nom : « Kado ». À l’intérieur, un être extraterrestre, Yaha-kui zaShunina, annonce qu’il va s’immiscer dans les affaires du Japon. Shindô endosse le rôle de médiateur, mais le gouvernement décide d’envoyer une femme, Saraka Tsukai...
Les années collège dans la ville de Kawagoe ! Kôtarô travaille dans une librairie et il aimerait devenir écrivain. Akane est une jeune fille pleine d’énergie qui adore courir. Ils se retrouvent tous les deux dans la même classe et doivent s’occuper des équipements d’un festival de sport. Une relation naît doucement, malgré leurs caractères opposés, notamment à travers les nombreux échanges qu’ils ont sur LINE, un logiciel de discussion.
L'histoire débute quand Ai Ohto, une jeune fille de 14 ans, entend une voix mystérieuse l'appeler alors qu'elle se promène en ville tard la nuit. Cette voix lui donne un œuf et lui dit : « Si tu désires changer le futur, tu n'as qu'à choisir maintenant. Crois en toi et casse l'œuf. »
Après avoir vécu une expérience traumatisante, Kobato souhaite devenir un simple citoyen honnête et ordinaire. Il conclut un pacte avec Osanai, une camarade de classe qui poursuit le même objectif. Tous les deux prévoient d'entrer au lycée en menant une vie tranquille, sans histoire. Cependant, ils sont régulièrement impliqués dans des événements étranges ou des catastrophes qui se produisent autour d'eux.
Ray White est un jeune homme venant d'entrer dans la populaire académie de magie Arnold. En tant que premier élève inscrit n'étant pas d'origine noble, il est rejeté par un certain nombre de ses camarades. Néanmoins, il se lie rapidement d'amitié avec Amelia Rose, la représentante des élèves de première année et la fille ainée d'une des 3 grandes familles aristocratiques, ainsi que d'autres élèves. Toutefois, Ray White cache un énorme secret à ses amis : il est le magicien des lames de glace et l'un des sept grands magiciens de ce monde.
Il y a longtemps, les humains vivaient au fond de l'océan. Attirés par les bienfaits de la surface, un grand nombre d'entre eux décidèrent de s'y installer, et contentaient leurs dieux avec des offrandes.
Anos Voldigord est un roi démon tyrannique. Après avoir éradiqué les humains, les esprits et même les dieux, il commence à s’ennuyer de cet état de guerre perpétuelle et se réincarne avec un idéal de paix. Cependant, il ne s’attend pas après 2000 ans à ce que ses descendants aient été ramollis par des siècles de paix et à ce que la magie ne soit plus que l’ombre d’elle-même. Anos intègre alors l’Académie du Roi Démon qui enseigne à tous les prétendants au rôle de roi démon. Cependant, les professeurs n’arrivent pas à déceler ses vrais pouvoirs et en font un paria. Dans leur tête, le roi démon légendaire était quelqu’un de tout à fait différent. Alors que tout le monde le rejette, il peut tout de même compter sur Misha, la seule élève qui lui est sympathique. Le roi démon en mal d’intégration va devoir refaire l’ascension du monde démonique !
Gabriel est un jeune garçon asthmatique qui vient de déménager en rase campagne, non loin de la maison d'Elias. Passionné par le folklorique et la magie, Gabriel va s'aventurer dans ce territoire et notamment à proximité d'un cercle de pierres isolé très étrange. Chise, qui cherche toujours à s'habituer à sa main maudite, ressent alors des frissons inhabituels.
C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.
Lorsqu’il était à l’école primaire, Ryûhei admirait beaucoup son grand frère. Cependant, il a été le témoin de sa mort lors d’un étrange accident. Aujourd’hui, Ryûhei ne laisse rien paraître du cauchemar qu’il a vécu. C’est un lycéen souriant qui passe ses journées à faire du kickboxing. Lorsqu’une nuit, il est mordu par une mystérieuse créature appelée Tris, il sombre dans un rêve étrange...
Kino est un jeune aventurier qui parcourt le monde sur sa moto, Hermes, avec laquelle il échange ses impressions. Son périple l’amène à traverser des contrées aux paysages et aux coutumes variés, à rencontrer des habitants tantôt hostiles, tantôt accueillants. Cependant, quelles que soient les circonstances, Kino est toujours guidé par une seule règle : il ne reste jamais plus de trois jours à l’endroit où il s’arrête.
Étudiante et passionnée par les livres, Motosu Urano venait d'apprendre qu'elle allait enfin travailler comme bibliothécaire, ce dont elle avait toujours rêvé. Mais la vie en a décidé autrement et un tragique accident l'a emportée.
Quand Aiko apprend que son existence est fondée sur un terrible mensonge, elle fait équipe avec des Divers pour anéantir le Burst, et peut-être sauver sa famille.
Aoi Nagisa est une jeune fille dont les parents ont été mutés à l'étranger. Elle est donc transférée en cours d'année à Astraea. Cet établissement est composé de trois écoles : St Miatre, St Le Rim et St Spica. En retard dès son jour d'admission, Nagisa tente de couper à travers le parc de la résidence universitaire. Elle tombe par surprise sur une éblouissante étudiante à la chevelure argentée. Alors que cette dernière s'approche et l'enlace pour l'embrasser, Nagisa s'évanouit.
Trahi par son ami d'enfance et exclu du groupe des héros, Orhun Dura, autrefois leur fidèle enchanteur, est désormais considéré par ses anciens camarades comme « un touche-à-tout mais maître en rien ». Seul, il décide de se forger un nouveau chemin en tant qu'aventurier solitaire. Son périple donne lieu à des combats explosifs, des rivaux mortels et des alliés inattendus, et il va se surpasser pour dépasser toutes les attentes. Le grand retour en solo commence !
C'est les vacances d'été. 15 jeunes collégiens sont dans un camp de vacances au bord de la mer et décident d'explorer une grotte. Ils tombent alors sur une salle bourrée d'ordinateurs. Le propriétaire des lieux est un homme plutôt âgé qui dit s'appeler Kokopelli et travailler sur un nouveau jeu auquel il leur propose de participer. Le principe est simple : ils doivent contrôler un robot géant afin de détruire 15 machines extra-terrestres qui menacent la Terre. Ils acceptent tous avec joie et se réveillent alors sur la plage, comme sortis d'un long rêve... C'est alors qu'ils se retrouvent transportés à l'intérieur du robot où Kokopelli est aux commandes. Il se propose de détruire le premier des 15 ennemis et va, sous leurs yeux, anéantir l'immense créature qui venait d'apparaître dans la baie. Il confie alors aux enfants la tâche de détruire à leur tour les 14 autres ennemis qui apparaîtront de façon aléatoire et... S'excuse. Car si les enfants sont persuadés de participer à un simple jeu vidéo, ils réaliseront rapidement l'horreur de la situation et de ce jeu malsain d'où la seule issue semble être une mort certaine...
Un matin, alors qu’elle se rend au lycée, Naho reçoit une drôle de lettre… une lettre du futur ! La jeune femme qu’elle est devenue dix ans plus tard, rongée par de nombreux remords, souhaite aider celle qu’elle était autrefois à ne pas faire les mêmes erreurs qu’elle. Aussi, elle a décrit, dans un long courrier, les évènements qui vont se dérouler dans la vie de Naho lors des prochains mois, lui indiquant même comment elle doit se comporter. Mais Naho a bien du mal à y croire, à cette histoire…
Tout débute le 16 août, alors que la première moitié de l’été est déjà passée. Nagara et ses camarades de 3e qui étaient présents au collège se retrouvent dans une situation totalement invraisemblable. Nagara, la mystérieuse nouvelle élève Nozomi, Mizuho, Asakaze, leurs 32 autres camarades et leur collège ont été transportés dans une autre dimension. En plus de leur dérive, certains d'entre eux obtiennent des pouvoirs surnaturels.
