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Cloud Strife, ex‐soldat, décide de s’isoler de ses anciens compagnons pour lutter contre les souvenirs de son passé, seul. Cependant, quand il se fait attaquer par le gang de Kadaj, Loz, et Yazoo, qui recherchent leur « Mère » pour commencer leur « Réunion », Cloud va devoir plus que jamais affronter les souvenirs qui le tourmentent.
Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth, Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et les Turks afin de rentrer à Midgar. Leur fuite est entrecoupée de flash-backs autour des événements ayant eu lieu à Nibelheim.
Dans un univers parallèle, la ville de Jesus Town est menée de main de fer par Gurjev qui contrôle les forces de police dirigées par le robot Mickael. C'est alors que survient Hakaider. Robot doté de capacités de combat le rendant redoutable, il entre de force dans la ville et cherche à attaquer Gurjev. Sa route croise alors celle d'un groupe de rebelles...
Tout commence par Denzel qui raconte son histoire pendant un entretien pour intégrer le WRO, son histoire retrace les évènements du jeux vidéo Final Fantasy VII jusqu'au film Final Fantasy Advent Children. Pendant ces évènements on retrouve, la destruction du secteur 7 où habitait Denzel (engendrée par la Shinra), le moment où le météore s'abat sur Midgar, l'apparition du Geostigma (maladie causé par un contact avec la Rivière de la Vie), la construction de la ville de Edge à partir des débris des Taudis, et sa rencontre avec Cloud, Tifa et Marlène.
