Les grands paresseux Scooby-Doo et Sammy doivent mettre le "chi" dans "munchie" pour éclaircir le grand mystère des arts martiaux ! L'équipe de Mystère & Cie parcourt le monde, traverse les continents à la recherche d'un trésor qui leur permettrait de résoudre toute une série d'énigmes ancestrales. Ils doivent aller vite, plus vite que le dangereux Samouraï Noir entouré de ses soldats fantômes pour trouver le Sabre du Destin, une épée magique qui apporte d'incroyables pouvoirs. Au cours de leur périple, Scooby-Doo et Sammy sont embrigadés par un maître d'armes qui leur apprend le Bushido, le code des principes moraux des Samouraïs. Leur enseignement est vite mis à l'épreuve face à une armée de Robots Ninjas incontrôlable. Puis finalement, nos héros découvrent que le Bushido n'est pas seulement un moyen de gagner le respect, l'honneur et le courage, mais qu'il détient aussi la clé du mystère…
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?
Hakodate, région d'Hokkaido. Une carte de Kaito Kid est retrouvée dans les entrepôts du groupe Onoe. En même temps, un cadavre tailladé d'une croix à la poitrine est découvert dans le quartier des entrepôts de Hakodate. La piste mène l'enquête au "vendeur de mort", un Américain d'origine japonaise opérant comme marchand d'armes dans le bassin asiatique. Place à une chasse au trésor épique !
Lupin le Troisième, petit-fils du très célèbre Arsène Lupin et ses partenaires forment un gang de cambrioleurs appelés les "Oeuvres". Ensemble, ils veulent infiltrer l'Arche de Navarone, une forteresse de haute sécurité ressemblant à un gigantesque coffre-fort, pour y dérober le "Cœur Pourpre de Cléopâtre", le bijou le plus cher au monde.
Edgar (Lupin), Magali (Fujiko) et Jigen assistent au mariage de Goemon. Mais pendant la cérémonie, des ninjas appartenant au clan Fuma font leur apparition et tentent de voler le vase sacré de la famille Suminawa. Ce vase permet de trouver le trésor de la famille. Réagissant avec rapidité, nos amis parviennent à récupérer le précieux objet. Malheureusement, la future mariée, Murasaki, est enlevée à la place ! Goemon et ses amis vont donc tenter de délivrer la jeune fille, trouver le trésor avant le clan Fuma, et devoir faire face à nouveau à l'inspecteur Lacogne (Zenigata), toujours aussi infatigable…
A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.
Kresk, coiffeur de profession, voit sa vie paisible basculer lorsqu'un de ses clients s'avère être un dangereux criminel. Cette découverte va provoquer une suite d'événements incontrôlables, l'impliquant malgré lui dans les méandres d'une importante enquête policière.Et pour compliquer le tout, Kresk succombe au charme du sergent Meredith Kolko chargée de l'affaire.
Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre.
Pour s'introduire au sein de l'organisation criminelle responsable de la mort d'un collègue, le detective Tajima adopte une conduite de brute épaisse et monte les gangsters les uns contre les autres.
Suite à l'assassinat de la Reine Malta, Lupin et Jingen infiltrent l'East Doroa dans le but de voler le trésor de Little Comet. Leur mission est un succès jusqu'à ce qu'un tireur d'élite, Yael Okuzaki, arrête Jingen. Un nouvel ennemi se tient devant Lupin et son coéquipier…
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Tamara, Sylia et Alexia sont des cambrioleuses. Elles volent un tableau dans un musée à peu près au même moment où Lupin III vole lui-même un autre tableau. Les deux tableaux font partie de la série de Michael Heinz intitulée La Fille aux Fleurs. Ces tableaux pourraient aider les filles à retrouver leur père. Lorsqu'elles apprennent que Lupin poursuit la même cible, elle redoublent d’effort.
Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres.
Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009).
À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Aux confins du Japon, un ancien guerrier et une jeune Aïnoue tentent de trouver un trésor cartographié sur des hors-la-loi tatoués avant un groupe de marginaux et des soldats renégats.
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
Lupin et ses complices se lancent à la poursuite du trésor d'Harimao ! Ils auront affaires à un vieil aventurier accompagné de sa nièce et de Fujiko, à des soldats néo-nazis, et à l'infatigable inspecteur Zenigata.
