Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
Dans une discrète banlieue japonaise, Toshio et sa femme Akié mènent une vie en apparence paisible avec leur fille. Un matin, un ancien ami de Toshio se présente à son atelier, après une décennie en prison. A la surprise d’Akié, Toshio lui offre emploi et logis. Peu à peu, ce dernier s’immisce dans la vie familiale, apprend l’harmonium à la fillette, et se rapproche doucement d’Akié.
Kozo, sylviculteur dont le village est frappe par la crise économique, se passionne pour la construction d'un tunnel de chemin de fer qui doit améliorer l’accès au village.
Dans une petite ville paisible de Kyushu, une jeune fille de 17 ans, Suzume, rencontre un homme qui dit voyager à la recherche d’une porte. Décidant de le suivre dans les montagnes, elle découvre une porte délabrée trônant au milieu des ruines, seul vestige ayant survécu au passage du temps. Cédant à une inexplicable impulsion, Suzume tourne la poignée, et d’autres portes s’ouvrent alors aux quatre coins du Japon, laissant passer toutes les catastrophes qu’elles renfermaient. L’homme est formel : toute porte ouverte doit être refermée. Suzume s’est égarée où se trouvent les étoiles, le crépuscule et l’aube, une voûte céleste où tous les temps se confondent. Guidée par des portes nimbées de mystère, elle entame un périple afin de toutes les refermer.
Après avoir perdu son entreprise, un magnat se suicide. L'auteur de l'O.P.A., Son Prescott, enlève la fille du défunt, Uma, pour la marier. Avant cela, il l'envoie à Paradise Hills, dans un sanatorium privé où on va lui supprimer l'esprit.
À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.
Quatre lyceennes cedent aux avances incessantes, remuneratrices et parfois seulement anodines d'hommes murs assouvissant ainsi leurs lubies et fantasmes.
Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres.
Au Japon, dans la ville de Karakura, des esprits font leur apparition. Le monde est alors menacé de destruction par le groupe Dark One. Ichigo et ses amis vont tout tenter afin de sauver le monde.
En 2012, Atsuya et deux de ses amis d’enfance se retrouvent coincés dans un magasin après avoir fait une petite bêtise. Ils décident de rester là jusqu’au lendemain matin. Mais tard dans la nuit, Atsuya découvre une lettre, adressée au magasin et écrite 32 ans plus tôt. La boîte aux lettres semble étrangement connectée aux années 1980. Atsuya et ses amis décident d’écrire une réponse à cette mystérieuse lettre.
Obsédée par la ressemblance entre sa nouvelle voisine et sa mère décédée, une jeune fille perturbée accepte de faire du babysitting pour la poupée très réaliste de cette femme d'à côté qui a elle perdu sa fille récemment.
Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...
La trame suit une petite princesse poisson rouge appelée Ponyo qui veut désespérément devenir humaine. En cherchant ce faire, elle devient amie d'un garçon de cinq ans, Sôsuke.
Yoshiwara, quartier des plaisirs et du divertissement de la capitale Edo, l'ancienne Tokyo. Réservé à l'élite de la société japonaise, ce quartier clos est la demeure des plus grandes courtisanes de l'époque : les Oïran. Elles font et défont les tendances et la mode de l'époque, et sont aussi enviées que détestées... Parmi elles, une femme, Kiyoha, va devenir une légende sous le nom de Higurashi...
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Le corps d’un homme, Aoyagi Takeaki, est retrouvé sous une statue dans le quartier de Nihonbashi à Tokyo. Un jeune suspect : Yajima Fuyuki est immédiatement repéré à proximité, mais en essayant d’échapper aux policiers, il est renversé par une voiture et tombe dans le coma. Malgré les nombreux éléments qui l’accablent, sa petite amie Nakahara Kaori ne peut se résoudre à accepter sa culpabilité. Le détective Kaga qui travaille sur l’affaire est lui aussi perturbé par ce fait étrange.
Alone in her empty flat, from her window Anne observes the people passing by who nervously snatch up the personal belongings and pieces of furniture she has put out on the pavement. Her final gesture of taking a ring off her finger signals she is leaving her previous life in Holland behind. She goes to Ireland, where she chooses to lead a solitary, wandering existence, striding through the austere landscapes of Connemara. During her travels, she discovers a house that is home to a hermit, Martin.
Luffy et son équipage sont à la recherche du trésor de "Crown Island" dont Nami a récupéré une carte. Soudain le Going Merry est éjecté dans les air par la mer. Chopper dégringole dans la jungle de "Crown Island" où il est accueilli comme un roi animal attendu par une centaine d'animaux. Mais sur l'île se trouve également des chasseurs à la recherche des légendaires cornes qui procurerait un pouvoir immense à celui qui les mangerait. Luffy et ses amis doivent alors empêcher ces malfaiteurs de détruire le royaume des animaux.
Un homme se réveille dans une ville inconnue. Il ignore qui il est et doit percer des mystères pour découvrir son identité. Lors des recherches concernant son passé, il se retrouve confronté à un puissant ennemi. Leur affrontement final scellera son sort et lui permettra de découvrir son identité.
Alors que tout l'équipage de Luffy se repose sur la plage, le Vogue Merry est volé ! Ils se lancent à la poursuite du bateau en mer et se font capturer par les frères Burodo mais sont immédiatement attaqués par les frères Card qui enlèvent Nami. Ils comptent l'offrir à leur chef, Bear King, dont la base est sur l'île horloge où serait aussi le Vogue Merry.
