Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.
Le détective Yoshioka enquête sur plusieurs meurtres qui semblent liés entre eux. Chaque victime est découverte noyée, le corps rempli d’eau salée, cette même eau qui menace d’engloutir des quartiers désaffectés des alentours de Tokyo au prochain tremblement de terre. Tourmenté par le stress et par la crise que traverse son couple, Yoshioka découvre sur les lieux des crimes des objets familiers qui le poussent à s’interroger sur sa propre culpabilité : se pourrait-il qu’il soit le meurtrier ?…
Le cadavre d’un homme tué par strangulation est découvert dans un terrain vague. Il a été complètement défiguré et ses doigts ne sont plus qu’un amas de cendres. L’affaire est confiée à l’inspecteur Utsumi. Aidé dans son enquête par un physicien de renom, ses soupçons se portent sur le voisin de l’ex-femme de la victime, un professeur de mathématiques considéré comme un véritable génie.
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
À Tokyo, Conan assiste impuissant à l’assassinat d’un ancien collègue de Kogorô. Déterminé à venger son ami en débusquant le meurtrier, ce dernier remonte une piste qui le conduit aux montagnes enneigées de Nagano. Sur place, il fera équipe avec Kansuke Yamato qui a lui-même été gravement blessé lors d’une avalanche 10 mois plus tôt. Or ses souvenirs perdus pourraient bien fournir la clef pour résoudre l’enquête.
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?
Le village de St Mary Mead est en émoi depuis l’arrivée d’une équipe de cinéma venue tourner un film sur Elizabeth 1er et Marie Stuart. Cette dernière est incarnée par la grande vedette hollywoodienne Marina Gregg-Rudd. Au cours d’une fête organisée en leur honneur, une villageoise est retrouvée empoisonnée peu après avoir parlé à son idole de toujours. L’inspecteur Craddock, membre de Scotland Yard et fervent cinéphile, est dépêché en urgence pour résoudre cette enquête. Pour cela, il peut compter sur l’appui de sa tante détective amateur, Miss Marple, bien décidée à connaître le fin mot de l’histoire…
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Michiko Oshitani, qui vivait dans la préfecture de Shiga, est retrouvée morte dans un appartement à Tokyo. Elle a été étranglée. Mutsuo Koshikawa est le propriétaire de l'appartement et il est porté disparu. Les détectives, y compris Yuhei Matsumiya, qui est un cousin du détective Kyoichiro Kaga, ont des difficultés à résoudre le cas. Ils ne trouvent pas de lien entre Michiko Oshitani et Mutsuo Koshikawa. Ils apprennent bientôt que Michiko Oshitani est venue à Tokyo pour rendre visite à Hiromi Asai. Ils sont diplômés de la même école, mais il n'y a pas de lien entre Hiromi Asai et Mutsuo Koshikawa. Mais L'inspecteur Yuhei Matsumiya trouve quelque chose près du corps de Michiko Oshitani…
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Justin Whitter, 10 ans, disparaît alors qu'il faisait du vélo dans un parc. L'inspecteur de police Greg Harper en charge de l'affaire découvre de nombreuses similitudes avec de précédents cas d'enlèvements d'enfants dans la région. Au même moment, son épouse Jackie et leur fils Connor font face à des phénomènes étranges et inhabituels dans leur maison : vaisselle qui disparaît, télévision qui s'allume toute seule... Rien qui ne les inquiète vraiment, et pourtant...
Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.
Il y a une explosion soudaine au bord géant des installations océaniques du sommet de Tokyo. L'ombre de Tōru AMOURO, qui travaille pour le Bureau de sécurité de l'Agence nationale de police comme Zéro, apparaît sur le site. En outre, le "triple-face" du personnage connu comme Rei FURUYA en tant que détective et apprenti de Kogoro Mouri, et il est également connu comme Bourbon , membre de l'organisation des hommes en noir. Kogorô est arrêté comme suspect pour l'explosion. Conan mène une enquête pour prouver l'innocence de Kogoro, mais AMOURO se met sur son chemin.
Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
Dans le Japon d'après-guerre, un policier se fait subtiliser son arme. Son supérieur refuse sa démission et l'envoie à la poursuite du malfaiteur. Il mène son enquête dans les bas-fonds de Tokyo, où il côtoie la misère d'une population qui survit difficilement à la défaite de son pays.
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