L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
L'action se passe à Tokyo, l'histoire d'un policier, Eddie Kenner, s'infiltrant au sein d'un gang brutal d'anciens G.I. mené par Sandy Dawson, afin de retrouver les assassins d'une victime tuée au cours d'un hold-up d'un train de munitions. Sandy sauve la vie au policier et fait de lui son préféré, remplaçant Griff (tué par Sandy). Mais il s'apercevra de la traîtrise d'Eddy ; lors du règlement de comptes final Eddy tue Sandy.
Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?
Dans un Japon d'anticipation, une jeune fille dont la mère vient de mourir est recueillie par une prostituée du nom de Glico. Elles rejoindront par la suite une troupe d'amis vivant dans Yentown, un bidonville où se terrent les exclus...
Après avoir vécu dans un camp de prisonniers au Japon durant la Seconde Guerre Mondiale, un Américain décide de rester au pays du Soleil Levant. Il y apprend divers rituels et autres épreuves avant de devenir l'un des rares étrangers à être intégré chez les Yakusas.
Sous des dehors respectables, l'International Bank of Business and Credit est une multinationale de la finance spécialisée dans le blanchiment d'argent et le financement d'opérations illégales. Face à elle, Louis Salinger, agent d'Interpol, et Eleanor Whitman, district attorney adjoint de Manhattan, sont déterminés à mettre fin à ses activités illicites. Ils sont prêts à tout pour que la justice règle son compte à cette organisation tentaculaire et intouchable, mais pour y parvenir, ils vont eux aussi devoir agir au-delà des lois... D'un bout du monde à l'autre, contre tous les dangers, Eleanor et Louis se lancent dans une partie à haut risque dont ils ne maîtrisent pas les règles. Une chose est certaine : ce jeu dans lequel leur redoutable ennemi contrôle tout et tout le monde ne s'arrêtera que lorsque l'un des adversaires sera à terre...
Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
Des morts sont ramenés à la vie par une mystérieuse sphère noire, GANTZ, qui les somme de combattre d'étranges créatures pour racheter leur liberté. Moyennant 100 points, chaque participant peut gagner sa résurrection ou ressusciter un proche. Mais GANTZ, menacé de mourir, décide de complexifier encore les règles.
L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre.
Dans le Japon d'après-guerre, un policier se fait subtiliser son arme. Son supérieur refuse sa démission et l'envoie à la poursuite du malfaiteur. Il mène son enquête dans les bas-fonds de Tokyo, où il côtoie la misère d'une population qui survit difficilement à la défaite de son pays.
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Comme tous les jours après son travail, Michael MacCauley prend le train de banlieue qui le ramène chez lui. Mais aujourd’hui, son trajet quotidien va prendre une toute autre tournure. Après avoir reçu l’appel d’un mystérieux inconnu, il est forcé d’identifier un passager caché dans le train, avant le dernier arrêt. Alors qu’il se bat contre la montre pour résoudre cette énigme, il se retrouve pris dans un terrible engrenage. Une conspiration qui devient une question de vie ou de mort, pour lui ainsi que pour tous les autres passagers !
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Après un braquage, quatre criminels font profil bas dans un abri isolé en attendant les ordres. Alors que la paranoïa s'installe, ils comprennent une chose—la vraie menace n'est peut-être pas à l'extérieur, mais parmi eux.
Lorsqu’un détective retrouve son ex femme assassinée et sa fille kidnappée par une secte satanique, il quitte la police et infiltre l’organisation afin d’y traquer son charismatique gourou.
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