Après avoir empêché que plusieurs missiles s'abattent sur le Japon, Akira Takizawa s'est volatilisé en laissant peu d'indices à Saki. Mais de leurs côté, les autres Seleçao continuent leur bataille pour changer le Japon à leur façon et selon leurs idéaux. Akira va donc être obligé de revenir dans le jeu, car même s'il a de nouveau effacé sa mémoire, les autres Seleçao ne sont pas prêt de l'oublier.
Ce film d'animation va conclure les événements de la troisième saison sur le cas des "Foxes" poursuivis par l'Unité 1, le mystère du Bifrost ainsi que la bataille opposant Arata à Kei. A noter que le début du film sera une compilation de la troisième saison.
Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint.
Dans un futur proche, le Major est unique en son genre : humaine sauvée d’un terrible accident, son corps aux capacités cybernétiques lui permet de lutter contre les plus dangereux criminels. Face à une menace d’un nouveau genre qui permet de pirater et de contrôler les esprits, le Major est la seule à pouvoir la combattre. Alors qu’elle s’apprête à affronter ce nouvel ennemi, elle découvre qu’on lui a menti : sa vie n’a pas été sauvée, on la lui a volée. Rien ne l’arrêtera pour comprendre son passé, trouver les responsables et les empêcher de recommencer avec d’autres.
À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Une mystérieuse explosion d'énergie spirituelle se produit dans le monde de la Soul Society. Kisuke, prévenu de cette anomalie envoie alors Ichigo pour avoir de plus amples informations. Une fois sur place, Kurosaki se fait attaquer par les shinigamis, qui furent autrefois ses alliés, car ils n'ont plus aucun souvenir de lui. Une fois cette première mauvaise surprise passée, il se rend compte que Rukia a disparu. Ne pouvant compter que sur lui-même, il part donc à la recherche de réponses.
Après la 3ème guerre mondiale, certains gouvernements décidèrent de construire Olympus, une cité utopique administrée par des bioroïds. Mais des criminels décident de détruire Gaia, l'ordinateur central, afin de libérer ce monde qu'ils jugent trop contrôlé. Les membres de l'ESWAT Deunan Knute et Briareos Hecatonchires parviendront-ils à les arrêter avant qu'ils ne ruinent ce nouveau paradis ?
Après une catastrophe écologique, la terre se trouve séparée en 2 mondes inversés ignorant tout l'un de l'autre. Dans le monde souterrain, Patéma, 14 ans, adolescente espiègle et aventurière rêve d'ailleurs. Sur la terre ferme, Age, lycéen mélancolique, a du mal à s'adapter à son monde totalitaire. Le hasard va provoquer la rencontre des 2 adolescents en défiant les lois de la gravité.
Dans une société où les héros et les vilains s'affrontent continuellement au nom de la paix et du chaos, Deku, un étudiant du lycée U.A. qui aspire à devenir le meilleur héros possible, affronte celui qui imite le héros qu'il admire depuis longtemps. Deku et les autres élèves de la classe 1-A du lycée U.A. pourront-ils protéger le monde en mettant fin aux agissements de Dark Might, l'homme qui prétend être le nouveau symbole de la paix ?
Esseulé, le mystérieux Killy poursuit sa recherche du terminal génétique jusque dans un village aux abois et accepte de venir en aide aux habitants.
Il y a six ans s’est déroulé un drame durant lequel des centaines de personnes dotées de pouvoirs surnaturels ont trouvé la mort, officiellement par suicide. L’agence de détectives est aujourd’hui chargée de capturer un certain Tatsuhiko Shibusawa que l’on soupçonne d’être impliqué dans cet étrange phénomène. Tous ceux possédant des pouvoirs sont désormais menacés par un ennemi doté d’une puissance jamais vue jusqu’ici. La ville de Yokohama plonge ainsi dans la terreur.
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?
Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara. Elle et Okabe se retrouvent enfin. Malheureusement, peu après leurs retrouvailles, Okabe commence à voir des images des autres lignes d'univers et finit par disparaître. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses sentiments, Kurisu doit faire le choix entre ne pas remonter dans le temps comme celui-ci le lui a demandé, ou tenter de le sauver malgré les conséquences que cela pourra entraîner sur le monde.
Alors que les 5 espionnes réussissent brillamment une nouvelle mission, elles sont de plus en plus suspectes aux yeux de Central, qui décide de faire surveiller le groupe.
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