Un jeune homme découvre qu'il peut voyager dans le temps en se concentrant sur des souvenirs de son passé, et tente de changer le cours des événements pour éviter des tragédies futures.
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Aux confins du Japon, un ancien guerrier et une jeune Aïnoue tentent de trouver un trésor cartographié sur des hors-la-loi tatoués avant un groupe de marginaux et des soldats renégats.
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
Les examens finaux sont enfin terminés, et les élèves de Yuei se préparent pour le camp d’été. Izuku et All Might reçoivent une invitation d’une certaine personne pour partir à l’étranger dans une immense ville ambulante appelée « I-Island ». Dans cette île qui regroupe les connaissances de scientifiques du monde entier, se tient l’I-Expo, un événement dédié aux résultats de recherches sur les Alters et les superhéros. Izuku y fait la rencontre de Melissa, une fille sans Alter qui lui rappelle son passé. Soudain, l’imprenable système de sécurité de l’île est piraté par des vilains, et tous les habitants de l’ile se retrouvent pris en otage. Un plan capable d’ébranler la société des héros est en marche ! Et la personne au coeur de tout cela, est le héro numéro 1 et symbole de la paix : All Might.
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
Naruto a causé trop de troubles, après une tentative d’assassinat sur le Raikage, il est enfermé dans une prison d’où l’on ne s’échappe pas. Elle a pour nom Hôzuki. Le maître des lieux s’appelle Mui, il utilise une technique de ninjutsu spéciale : l’Entrave Céleste, qu’il appose à tous les prisonniers. Cela les empêche de malaxer leur chakra et les rend impuissants. En prison, Naruto rencontre un ninja nommé Ryûzetsu qui lui parle de la Boîte du Paradis, une boîte légendaire qui date de l’époque de l’Ermite Rikûdo, et que Mui convoite. Elle aurait le pouvoir d’exaucer tous les voeux, et il semblerait que Mui ait besoin de Naruto pour l’ouvrir. Mais dans quel but ? Une chose est certaine, quelque chose ne tourne pas rond dans cette histoire…
Kuno propose à Akané une croisière sur son voilier, voyage auquel s'invite toute la famille Tendo en plus des autres agitateurs habituels ! Malheureusement le bateau est victime d'une avarie, ce qui contraint le groupe à faire une escale sur une île a priori paradisiaque et déserte. Malheureusement, une étrange présence ne tarde pas à se faire sentir et la panique s'installe lorsque les jeunes filles du groupe disparaissent une à une.
1999, l'Année de la Destinée. L'avenir du monde réside dans les mains d'un seul homme, Kamui Shirô, qui doit détruire l'un des deux dragons de la terre et du ciel. Il doit décider seul si l'humanité doit disparaître et laisser place à un univers purifié ou protéger les civilisations existantes…
Takiya, un nouveau venu au sein du lycée Suzuran, où des bandes très violentes s'affrontent quotidiennement, veut tenter d'en prendre le contrôle. Pour ce faire, il est entraîné par Katagiri, un ancien Yakuza, et doit lutter contre son rival Serizawa.
Avant d'être ennemis, Satoru Gojo et Suguru Geto étaient camarades de classe et amis au lycée. Les deux puissants exorcistes sont chargés de protéger Riko Amanai, une étudiante qui a été désignée pour être sacrifiée en tant que Réceptacle du Plasma stellaire, jusqu'à ce qu'elle puisse accomplir son devoir. Poursuivis par une secte religieuse et d'autres maîtres des fléaux, ils sont les seuls exorcistes capables de mener à bien une mission si difficile – mais cette mission scellera leurs destins et mettra les deux exorcistes à l'épreuve de manière inimaginable.
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Une nouvelle rentrée se prépare au lycée Suzuran. Les boss de l’établissement, Genji et Tamao, ont été diplômés. Une bataille s’engage alors entre les nouveaux lycéens pour déterminer qui contrôlera l’établissement...
Une mystérieuse explosion d'énergie spirituelle se produit dans le monde de la Soul Society. Kisuke, prévenu de cette anomalie envoie alors Ichigo pour avoir de plus amples informations. Une fois sur place, Kurosaki se fait attaquer par les shinigamis, qui furent autrefois ses alliés, car ils n'ont plus aucun souvenir de lui. Une fois cette première mauvaise surprise passée, il se rend compte que Rukia a disparu. Ne pouvant compter que sur lui-même, il part donc à la recherche de réponses.
L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.
Alors que les culottes du monde entier sont en train de disparaître, Aiko a des doutes sur ses sentiments envers Kyosuke et décide de partir avec la culotte avec laquelle le jeune homme se transformait en Hentai Kamen pour combattre le mal. Souffrant du départ de Aiko, le héros décide de se retirer, c'est alors qu'un nouveau grand méchant apparaît...
Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.
Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
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