SPEC: Close - Reincarnation

Un an après l'affrontement entre les détectives Saya Toma, Takeru Sebumi et Satoshi Chii. Takeru Sebumi revient après une pause due à ses problèmes oculaires. Kenzo Ichiyanagi est nommé chef de section, tandis que Kotaro Nonomura est rétrogradé. Un nouveau membre, Shu Kikkawa, rejoint l'équipe.

Saya Toma est une femme détective avec un QI de 201. Takeru Sebumi est un détective de carrière distingué. Ils travaillent sur des affaires spéciales impliquant des criminels ayant des pouvoirs "SPEC". Lorsque des corps sont retrouvés sur un bateau de croisière, Saya Toma et Ryo Kase sont appelés pour résoudre l'affaire.

Saya Toma a perdu ses parents et son jeune frère dans un accident d'avion alors qu'elle était lycénne. L'inspecteurchargé de l'enquête lui dit alors : "Il est fort probable que votre famille ait été tuée par des gens qui ont un pouvoir SPEC." Saya Toma, qui n'a jamais oublié les propos du détective, décide de devenir détective. 6 ans plus tard, elle retourne au Japon après avoir été formée par le FBI aux États-Unis. Saya Toma est assignée à travailler sur des affaires non résolues au sein du Bureau de la sécurité publique.

Tandis que Toma et Sebumi enquêtent entre autres sur la disparition de Satoko, de grandes manœuvres se préparent dans l'ombre. Une organisation regroupant les puissants de ce monde est en train de mettre en place son Simple Plan pour tenter d'éradiquer de la surface de la planète tous les individus disposant de SPEC. Mais ce n'est rien à côté de ce que fomentent le mystérieux Sekai et sa comparse, qui prévoient eux carrément la fin de toute l'humanité. Toma est la seule à pouvoir sauver le monde, mais pour cela elle va devoir faire des sacrifices.