La Seconde Renaissance, partie 1

En tentant d'échapper à une horde de sentinelles, les occupants de l'Osiris découvrent que des centaines de milliers de machines sont regroupées à quatre kilomètres au-dessus de Zion et qu'une gigantesque foreuse est en action afin de leur permettre d'envahir le dernier refuge des êtres humains qui ont échappés à la Matrice. Il leur faut absolument prévenir Zion du danger. Thadeus décide alors de connecter Jue, sa compagne, à la Matrice afin qu'elle y dépose un paquet contenant tous les détails et les relevés effectués par l'Osiris avant sa destruction.

Un détective privé est engagé pour retrouver la piste d'un pirate informatique connu sous le pseudo de Trinity. Mais au cours de son enquête, il découvre qu'il n'est pas le premier sur le coup.

À travers les archives de Zion, on découvre l'origine du conflit meurtrier qui opposa les machines aux humains et les différentes étapes qui conduisirent à la création et à l'avènement de la Matrice. 2ème partie.

Yoko a perdu son chat. Alors qu'elle interroge les gens du quartier, un groupe d'enfant insolents lui disent qu'ils ont vu son chat se diriger vers « la maison hantée ». Prête à tout pour récupérer son chat, Yoko suit les enfants jusque dans une vieille bâtisse en ruines où elle observe d'étranges phénomènes.

Un jeune adolescent, Karl Popper, féru d'informatique, est, un jour, contacté par Neo afin qu'il s'échappe de la Matrice. La route pour la liberté est bien plus difficile, que ce qu'elle semble être.

Un petit groupe d'humains du monde réel parviennent à capturer des machines et à les rallier à leur cause grâce notamment à un programme de simulation spécial. Cependant l'expérience s'avère assez hasardeuse...

Duo, le capitaine et compagnon de Cis, lui propose de retourner dans la Matrice avec lui pour recommencer une nouvelle vie. Mais pour cela, elle doit trahir Zion...

Malgré une blessure qui pourrait mettre fin à sa carrière sportive, le coureur Dan Davis est bien décidé à défendre son titre de champion coûte que coûte et à battre son record de sprint. Il ignore la souffrance qui envahit son corps et fournit un effort tellement incroyable qu'il sort de la Matrice et se réveille un instant dans le monde réel.