1942, Joseph a onze ans. Et ce matin de juin, il doit aller à l'école, une étoile jaune cousue sur sa poitrine… Il reçoit les encouragements d'un voisin brocanteur. Les railleries d'une boulangère. Entre bienveillance et mépris, Jo, ses copains juifs comme lui, leurs familles, apprennent la vie dans un Paris occupé, sur la Butte Montmartre, où ils ont trouvé refuge. Du moins le croient-ils, jusqu'à ce matin du 16 juillet 1942, où leur fragile bonheur bascule… Du Vélodrome d'Hiver, où 13 000 raflés sont entassés, au camp de Beaune-La-Rolande, de Vichy à la terrasse du Berghof, La Rafle suit les destins réels des victimes et des bourreaux. De ceux qui ont orchestré. De ceux qui ont eu confiance. De ceux qui ont fui. De ceux qui se sont opposés. Tous les personnages du film ont existé. Tous les évènements, même les plus extrêmes, ont eu lieu cet été 1942.

À l'aube du XXème siècle, dans une maison close à Paris, une prostituée a le visage marqué d'une cicatrice qui lui dessine un sourire tragique. Autour de la femme qui rit, la vie des autres filles s’organise, leurs rivalités, leurs craintes, leurs joies, leurs douleurs... Du monde extérieur, on ne sait rien. La maison est close.

Marie, mère de famille, accepte d'aider une jeune voisine à se débarrasser d'un enfant non désiré. Encouragée par le succès, elle entame un processus qui en fera une faiseuse d'anges, et une femme adultère. Mais la dureté de la vie sous le régime de Vichy la rattrape, elle est dénoncée par son mari et finira guillotinée pour l'exemple. Comment la mauvaise conscience de la France de Vichy se soulageait en condamnant à mort et en exécutant Marie, la « faiseuse d'anges ». Une des toutes dernières femmes exécutées en France le 31 juillet 1943.

Dans la France occupée de 1940, un groupe de soldats juifs américains, les bâtards, mène des actions punitives particulièrement sanglantes contre les nazis du Troisième Reich. Leur chemin rencontre celui de Shosanna Dreyfus, une jeune juive réfugiée à Paris exploitante d'une salle de cinéma qui entend elle aussi assouvir sa propre vengeance envers les nazis.

La nuit du 24 au 25 août 1944. Le sort de Paris est entre les mains du Général Von Choltitz, Gouverneur du Grand Paris, qui se prépare, sur ordre d'Hitler, à faire sauter la capitale. Issu d'une longue lignée de militaires prussiens, le général n'a jamais eu d'hésitation quand il fallait obéir aux ordres. C'est tout cela qui préoccupe le consul suédois Nordling lorsqu'il gravit l'escalier secret qui le conduit à la suite du Général à l'hôtel Meurice. Les ponts sur la Seine et les principaux monuments de Paris, Le Louvre, Notre-Dame, la Tour Eiffel… sont minés et prêts à exploser. Utilisant toutes les armes de la diplomatie, le consul va essayer de convaincre le général de ne pas exécuter l'ordre de destruction.

Un Américain retourne dans un Shanghai corrompu et occupé par les Japonais quatre mois avant Pearl Harbor et découvre que son ami a été tué. Alors qu'il perce les mystères de la mort, il tombe amoureux et découvre un secret beaucoup plus vaste que cache son propre gouvernement.

Pendant l'occupation allemande à Paris, Robert Klein, un Alsacien qui rachète des œuvres d'art à bas prix, reçoit en retour, réexpédié à son nom, le journal « Les Informations juives » qui n'est délivré que sur abonnement. Il découvre bientôt qu'un homonyme juif utilise son nom, et décide alors de remonter la piste qui le mènera à cet inconnu.

A recent college graduate flees to Paris after a break-up, where his involvement with a prostitute begins to reveal a potentially dark recent past.

Octobre 1942. «Ingénieur distingué des Ponts et Chaussées, soupçonné de pensée gaulliste, semblant jouir d'une certaine influence», Philippe Gerbier est interné dans un camp français puis transféré au quartier général de la Gestapo de l'hôtel Majestic à Paris. Il s'en évade en tuant une sentinelle.

Paris, France, pendant la Première Guerre mondiale. Alors que des milliers de soldats meurent chaque jour sur les champs de bataille, Henri Landru, un marchand de meubles apparemment respectable, marié et père de quatre enfants, alimente sans relâche sa propre et sinistre usine de la mort.

Sous l’occupation, Jo, un jeune berger des Pyrénées voit son existence bouleversée lorsqu’il découvre caché dans une ferme un homme qui attend sa fille Anya pour rejoindre l’Espagne. Cette rencontre lui ouvre les yeux sur les persécutions de la guerre. Avec la complicité de son grand-père, ils décident au péril de leur vie d’aider un groupe d’enfants juifs en fuite à passer la frontière. Une belle histoire d’humanité et de courage dans les splendides décors des Pyrénées.

Une jeune actrice inexpérimentée rejoint un tournage. Mais elle ne s'avère bientôt plus capable de décerner la fiction de la réalité.

Pendant l’occupation allemande durant la seconde guerre mondiale, François, Eusèbe et Lisa, trois enfants courageux, se lancent dans une aventure secrète : résister aux nazis en plein cœur de la France. Sabotages, messages cachés et évasions périlleuses, ils mènent des actions clandestines sous le nez de l’ennemi. L’audace et l’amitié sont leurs seules armes pour lutter contre l’injustice.

En septembre 1939, l'armée allemande prend le contrôle de la Pologne. Un groupe de professeurs, à la tête duquel se trouve Mordechai Anielewicz, s'inquiète du traitement qu'Hitler semble réserver aux Juifs. Après avoir été témoin d'actes de violence, Mordechai tente de faciliter la fuite de ses étudiants en Palestine, mais il est arrêté et emprisonné. Il s'évade et retourne à Varsovie. Mais la ville est devenue méconnaissable. Un immense mur de pierre a été dressé, derrière lequel se trouve ce que l'on appelle le Ghetto de Varsovie. Révolté, Mordechai tente de s'opposer à l'oppression nazie et monte avec ses compatriotes un mouvement de résistance, le J.F.O (Jewish Fighting Organization). Il mobilise son meilleur ami Yitzhak Zuckerman et sa femme Zivia. Parmi ses recrues se trouve également Tosia Altman, une jeune fille capable de passer pour une aryenne aux yeux des Allemands.

Durant la Seconde Guerre mondiale, Marcel Mangel / Marceau alias « Le mime Marceau » s'est engagé dans la Résistance française sous l'influence de son cousin, Georges Loinger, et de son frère, Simon. Il a contribué à sauver des milliers d'orphelins pendant la guerre. Il aurait appris le mime, en partie, afin d'aider ces enfants, dont les parents ont été tués par les nazis, à s'échapper.

L'histoire en 12 tableaux de Nana, jeune vendeuse désargentée qui rêve de devenir actrice et en vient, peu à peu, à se livrer à la prostitution.

Une jeune femme, Alex, se fait violer par un inconnu dans un tunnel. Son compagnon Marcus et son ex-petit ami Pierre décident de faire justice eux-mêmes.

Un soir, en conduisant en ville, un couple bourgeois, Hélène et Paul, est témoin d'une scène violente : Malika, une prostituée, est poursuivie par des truands. La jeune fille appelle à l'aide, tente de se réfugier dans la voiture du couple, mais Paul verrouille les portières du véhicule. Malika est alors tabassée et laissée pour morte sur le trottoir. Le conducteur s'empresse de nettoyer sa voiture pour faire disparaître les traces de sang, tandis que sa femme cherche à savoir ce qu'est devenue cette jeune fille. Elle la retrouve dans le service de réanimation d'un hôpital parisien et la soutient dans sa lente résurrection, délaissant quelque peu son foyer. Mais les proxénètes qui ont agressé Malika n'entendent pas la laisser tranquille, et bientôt Hélène se retrouve impliquée dans une histoire qui la dépasse : elle entreprend de redonner goût à la vie à la prostituée et de la tirer des griffes de ses bourreaux.

1938. La tension est palpable à la conférence de Munich. Deux anciens amis travaillant pour des gouvernements adverses agissent en coulisses pour révéler un secret nazi.

Dans Paris occupé par les allemands, l'ouvrier poète Missak Manouchian prend la tête d'un groupe de très jeunes juifs, Hongrois, Polonais, Roumains, Espagnols, Italiens, Arméniens, déterminés à combattre pour libérer la France qu'ils aiment, celle des Droits de l'Homme. Dans la clandestinité, au péril de leur vie, ils deviennent des héros. Les attentats de ces partisans étrangers vont harceler les nazis et les collaborateurs. Alors, la police française va se déchaîner, multiplier ses effectifs, utiliser filatures, dénonciations, chantages, tortures... Vingt-deux hommes et une femme seront condamnés à mort en février 1944. Dans une ultime opération de propagande, ils seront présentés comme une Armée du crime, leurs visages en médaillon sur un fond rouge placardés sur les murs de toutes les villes du pays. Ces immigrés, morts pour la France, entrent dans la légende. C'est cette belle et tragique histoire que raconte le film.