À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...
Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.
À Kyoto, au XIIème siècle, quiconque tente de franchir le pont de Gojoe durant la nuit est systématiquement décapité par des fantômes. Les autorités ne croient pas à de telles légendes et placent régulièrement des patrouilles aux abords du pont. Mais rien n'y fait. Elles aussi sont décimées par ces mystérieux revenants. Ignorant les avertissements de son maitre, Kenkei, un ancien guerrier reconverti en moine pacifiste, s'est juré d'apprivoiser les démons de Gojoe.
Kyoto, au printemps 1865. Sozaburo et Hyozo viennent tous deux d'être embrigadés, au temple Nishi-Honganji, dans une prestigieuse milice composée exclusivement de samouraïs. Sozaburo, par son aspect androgyne, trouble tous les soldats, suscitant bien des convoitises. Bien que rien dans la milice n'interdise les amours entre hommes, certains d'entre eux le désirent en secret, même si Sozaburo clame haut et fort qu'il n'aime pas les garçons. Lorsqu'on retrouve le corps sans vie d'un soldat, c'est Sozaburo qui est chargé d'exécuter le principal suspect, qui n'est autre que Hyozo, soupçonné d'avoir tué par jalousie…
Au XVIIe siècle, Sasahara, samouraï d’un fief vassal du shogun va bientôt prendre sa retraite et confier le rôle de chef de famille à son fils aîné. Féru d’arts martiaux, il a eu deux grandes frustrations dans sa vie : il est guerrier dans l'âme, mais a vécu dans un monde en paix ; et il est dominé par une femme à poigne, issue d’une famille socialement plus élevée que la sienne, qui lui a toujours reproché son manque d’ambition. Alors qu’il s’apprête à ranger définitivement son sabre, sa famille va être mêlée aux intrigues de la cour avant d’être injustement sacrifiée aux intérêts du clan. Sûr de son bon droit, le vieux guerrier sans gloire va choisir la révolte et faire trembler le clan tout entier…
Ancien samouraï, Yanagida mène une vie modeste avec sa fille à Edo et dédie ses journées au jeu de go avec une dignité qui force le respect. Quand son honneur est bafoué par des accusations calomnieuses, il décide d’utiliser ses talents de stratège pour mener combat et obtenir réparation…
Un récit qui nous plonge en plein cœur d'un monde de ninjas que Kamui tente de fuir tant bien que mal, afin de retrouver un semblant de liberté. C'était sans compter sur le poids du destin qui le lie jusqu'à la mort à son clan. Kamui deviendra donc la cible d'incessantes attaques de ninjas entraînant dans son sillage mort et désolation…
L'histoire raconte l'histoire d'un groupe de samouraïs qui se sont retrouvés sans chef (devenus ronin) après que leur daimyo (seigneur féodal) ait été forcé de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour nommé Kira Yoshinaka, dont le titre était Kōzuke no suke. Les ronin ont vengé l'honneur de leur maître après avoir patiemment attendu et planifié pendant plus d'un an pour tuer Kira. À leur tour, les ronin ont eux-mêmes été contraints de commettre un seppuku pour avoir commis le crime de meurtre.
Izo, samouraï vagabond, tombe sous l'influence du chef de clan Tosa, qui va l'amener à commettre une série d'assassinats plus brutaux les uns que les autres. Il s’aperçoit alors qu'il est totalement manipulé par le clan Tosa, devenu le bras armé des atrocités fomentées par son maître : il va alors se rebeller et devenir son premier opposant...
Takezo, rebaptisé Musashi Miyamoto, est devenu un samouraï hors pair. Depuis des années, il parcourt le pays au gré de ses affrontements dont il sort toujours vainqueur. Le voici désormais à Kyoto pour combattre maître Yoshioka. Dans la grande ville, il retrouve ses deux soupirantes : la vertueuse Otsu, ancienne fiancée de Matahachi, et la jeune Akemi, également courtisée par Yoshioka. Alors que l’affrontement entre les deux hommes est sans cesse repoussé, la violence autour de Musashi ne fait que croître...
En 1860, Niino, un samouraï sans maître, aspire à la gloire, mais, né de père inconnu, il ne peut justifier d'une lignée favorable. Il tente de parvenir à ses fins en se mettant au service d'un clan et de ses alliés, mais ces derniers ambitionnent de tuer un haut dignitaire du Shogunat pour régner à sa place…
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
Au XIIe siècle, les guerres de clans font rage au Japon. Le prince Yoshitsune est pourchassé par son frère aîné, jaloux de sa récente victoire sur le clan Heike. Yoshitsune prend la fuite, aidé par six fidèles vassaux déguisés en moines pour tromper leurs poursuivants. Mais avant de quitter le territoire, il leur faut traverser le poste-frontière d’Ataka, minutieusement gardé par les hommes de son frère…
Le prince Siddharta, affligé par la souffrance de son peuple, choisit de quitter sa vie princière pour se consacrer à la quête de la vérité. Dans cette quête il fera de nombreuses rencontres : la jeune prophète Asaji, le roi Bimbisara, l'intransigeante Dhepa. Siddharta retrouve également son ami d'enfance Tatta qui vit désormais avec la jeune voleuse Migaila. Grâce à Asaji, Siddharta s'éveille à la vérité après avoir frôlé la mort... De son côté, l'ambitieux prince Virudhaka envahie les terres de Shakya et provoque la colère du clan des Shakya et de Siddharta. Tous ceux qui croisent le chemin de Bouddha, le prince qui a renoncé à ses richesses, et de Virudhaka, le prince qui ne vit que par la destruction du royaume de Shakya, sur sur le point de vivre de grands bouleversements...
Dans le Japon du XVIème siècle, le seigneur Hidetora Ichimonji décide de se retirer et de partager son domaine entre ses trois fils, Taro, Jiro et Saburo. Mais la répartition de cet héritage va déchirer la famille.
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.
Après quelques jours passés en prison, Ichi (Shintarô Katsu) poursuit son errance à travers le Japon. Il séduira une yakuza, fera la connaissance d’un rônin peintre et poète à ses heures (Ken Ogata) et, bien sûr, ne manquera pas d’aller faire un tour dans les maisons de jeu histoire de se remplir les poches. Le masseur finira enfin par trouver un peu de repos auprès des enfants d’un orphelinat. Mais comme toujours, il sera amené à faire couler le sang pour défendre sa propre vie ou protéger les innocents.
Japon, 1600. Jeune homme fruste rejeté par les siens, Takezo rêve de devenir samouraï pour recueillir gloire et honneurs. Avec son ami Matahachi, il part au combat mais se retrouve rapidement du côté des vaincus. Contraints de fuir, les deux hommes trouvent refuge chez la veuve Oko et sa fille Akemi. Alors que Matahachi décide de rester auprès d’elles, abandonnant par là sa promise Otsu, Takezo retourne seul au village où il sera très mal accueilli…
Pour préparer ses guerriers aux attaques potentielles d’envahisseurs étrangers, le hanshu organise un marathon. Le marathon suit un chemin de montagne sur environ 58 kilomètres. Les réservistes se joignent au marathon pour se faire offrir un prix. Pendant ce temps, le marathon est considéré à tort comme un acte de trahison par le gouvernement central Edo. Les assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Jinnai Karasawa ( Takeru Satoh ) apparaît comme un samouraï normal, mais il est en fait un espion pour le gouvernement central. Il se rend compte que des assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Pour arrêter les assassins et dissiper le malentendu, Jinnai Karasawa court désespérément.
