Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.
Un criminel a posé une bombe dans le train Shinkansen 109. La bombe explosera si le train descend en dessous de 80 km/h, à moins que la rançon demandée ne soit payée.
A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.
Sous l'identité de Shinichi, Conan téléphone à Ran, et tous deux organisent un rendez-vous. Ce jour-là, alors qu'il cherche un moyen d'annuler le rendez-vous, Conan trouve un téléphone... Il s'agit en réalité d'un défi lancé par un poseur de bombes inconnu !! Conan s'engage dans une lutte effrénée contre l'agresseur...
Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
Dans une réalité uchronique, la Seconde Guerre Mondiale n'a jamais eu lieu, mais la crise économique aura creusé les différences sociales au Japon. Dans un état régi par les riches prolétaires, un mystérieux voleur masqué se joue des puissantes forces de la loi en enchaînant les vols les plus audacieux. Dans le camp des pauvres, le talentueux artiste de cirque Heikichi Endo est approché par un journaliste pour lui servir de paparazzi pour tenter de voler des clichés au prochain mariage en huis-clos entre le chef de la police et une riche héritière. Trop tard, le jeune homme se rend-il compte, qu'il est la victime d'un mystérieux complot le visant à endosser l'habit du mystérieux voleur K-20…Après avoir été secouru par les siens, il tente de faire tout l'éclairage sur l'affaire en se transformant lui-même en justicier…
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Un jeune homme découvre qu'il peut voyager dans le temps en se concentrant sur des souvenirs de son passé, et tente de changer le cours des événements pour éviter des tragédies futures.
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Andrew et Garrett Foster sont spécialisés dans le vol de bolides d’exception. Seulement le très haut de gamme. Engagés pour dérober une magnifique Bugatti 1937, ils réalisent un coup d’une audace inégalée, aussi magistral que malheureux : on ne vole pas impunément Morier, mafieux notoire en proie à une rivalité sans merci avec Max Klemp, star montante de la mafia allemande qui a choisi de s’implanter sur la Riviera. Andrew et Garrett n’ont pas le choix, d’autant plus que Morier a vite fait de repérer Stéphanie, l’irrésistible et incandescente fiancée d’Andrew, qui ne rêve que d’aventure et d’action. Ils acceptent le marché de Morier : la vie sauve contre la Ferrari 250 GT 1962 de Max Klemp, le Graal des voitures de collection, l’orgueil de Klemp, que Morier convoite au-delà de tout. Mais les frères Foster ont plus d’un tour dans leur sac...
Theo Abram, un sapeur-pompier réputé, a dû prendre sa retraite à la suite d'un choc post-traumatique. Lorsque sa femme est retrouvée morte dans son lit à ses côtés, toutes les forces policières se lancent à ses trousses. Pour sa part, Theo n'a strictement aucun souvenir d'avoir fait ce dont on l'accuse, et tandis qu'il tente de comprendre ce qui s'est réellement passé, il découvre un secret qui devient sa priorité.
Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").
Paul Clifton a déjà passé plusieurs années de sa vie en prison lorsqu'il met au point le plan le plus audacieux de sa carrière : l'attaque du train postal Glasgow-Londres. Clifton commence par voler un bijou précieux qui lui procure les fonds nécessaires à l'opération. Pour accroître ses chances de succès, il fait même évader de prison un dénommé Robinson, véritable expert en billets de banque. Une question reste cependant en suspens : celle du partage du butin.
La baie de Tokyo est le théâtre de tragiques événements. Plusieurs accidents s'y produisent et l'origine du phénomène qui les cause demeure encore un mystère. Les agents Kusumi et Hata, chargés d'élucider cette sombre affaire, s'aperçoivent que les diverses victimes sont à la fois les hommes et les Labor, ces gigantesques robots mis au point par les entreprises de construction japonaises à la fin du siècle et qui permettent d'effectuer de cyclopéens travaux d'aménagement.
Ce film d'animation va conclure les événements de la troisième saison sur le cas des "Foxes" poursuivis par l'Unité 1, le mystère du Bifrost ainsi que la bataille opposant Arata à Kei. A noter que le début du film sera une compilation de la troisième saison.
À Tokyo, Conan assiste impuissant à l’assassinat d’un ancien collègue de Kogorô. Déterminé à venger son ami en débusquant le meurtrier, ce dernier remonte une piste qui le conduit aux montagnes enneigées de Nagano. Sur place, il fera équipe avec Kansuke Yamato qui a lui-même été gravement blessé lors d’une avalanche 10 mois plus tôt. Or ses souvenirs perdus pourraient bien fournir la clef pour résoudre l’enquête.
Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009).
