L'action se passe à Tokyo, l'histoire d'un policier, Eddie Kenner, s'infiltrant au sein d'un gang brutal d'anciens G.I. mené par Sandy Dawson, afin de retrouver les assassins d'une victime tuée au cours d'un hold-up d'un train de munitions. Sandy sauve la vie au policier et fait de lui son préféré, remplaçant Griff (tué par Sandy). Mais il s'apercevra de la traîtrise d'Eddy ; lors du règlement de comptes final Eddy tue Sandy.
La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".
Walter Neff, un employé d'une compagnie d’assurances, tombe amoureux de sa cliente et échafaude avec elle un plan pour supprimer le mari encombrant et ainsi partager avec elle l'assurance-vie de ce dernier.
Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth
Doc' Riedenschneider vient d'échaffauder un nouveau plan pour le cambriolage d'une bijouterie dont le butin s'élèverait à un million de dollars. Pour monter son coup, il engage Louis, briseur de coffres, le chauffeur Gus, Dix Handley comme homme de main et Emmerich afin de financer l'opération. Celle-ci se déroule d'abord comme prévue, mais plusieurs petits détails et le comportement de chacun vont venir gripper la machine...
Par une nuit pluvieuse, 5 hommes à bord de 2 camions approchent d'une voix ferrée. Ils parviennent à immobiliser un train de marchandises, font sauter la porte blindée d'un wagon et s'emparent de 20 millions de dollars en lingots d'or. Ils répartissent les caisses de lingot à bord de 3 camions et filent séparément vers L.A....
Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys.
Dans le Japon d'après-guerre, un policier se fait subtiliser son arme. Son supérieur refuse sa démission et l'envoie à la poursuite du malfaiteur. Il mène son enquête dans les bas-fonds de Tokyo, où il côtoie la misère d'une population qui survit difficilement à la défaite de son pays.
Manny Balestrero, musicien de jazz, est accusé d'un hold-up. C'est en allant chercher de l'argent à sa banque que les employés le reconnaissent comme l'homme ayant commis le vol quelques semaines plus tôt. Manny, avec l'aide de sa femme, va tout faire pour prouver son innocence. Ils y parviendront mais Rose en deviendra folle.
Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...
Hasumi est un jeune trop calme pour son âge. Sa faculté à demeurer impassible devant les difficultés et à ne pas répondre aux coups et aux provocations va vite faire de lui un souffre-douleur pour les élèves au sang plus chaud et à la tête moins pleine que la sienne. Il tient le coup grâce à sa passion pour la popstar Lily Chou-Chou, dont les chansons lui permettent de s'évader. Cette passion, il la partage avec son camarade Hoshino, et avec des millions d'autres fans, qui se retrouvent anonymement sur internet pour discuter de leur amour pour la mystérieuse chanteuse.
A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.
Hakodate, région d'Hokkaido. Une carte de Kaito Kid est retrouvée dans les entrepôts du groupe Onoe. En même temps, un cadavre tailladé d'une croix à la poitrine est découvert dans le quartier des entrepôts de Hakodate. La piste mène l'enquête au "vendeur de mort", un Américain d'origine japonaise opérant comme marchand d'armes dans le bassin asiatique. Place à une chasse au trésor épique !
L'ascension d'un petit mafieux, devenu l'un des plus gros bonnets de la pègre locale.
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?
Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?
Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
John Forbes, marié et père de famille, dirige une compagnie d'assurance. Malgré des journées bien remplies, il trouve sa vie monotone. Un jour, il a l'occasion de briser cette monotonie : Bill Smiley, assuré chez Forbes, tente d'escroquer ce dernier et détourne l'argent de son assurance pour offrir des cadeaux à sa maîtresse, Mona Stevens. Dans un premier temps, Forbes veut récupérer son argent mais tombe rapidement sous le charme de Mona et devient son amant. MacDonald, un détective indépendant qui travaille pour la compagnie d'assurance de Forbes, voit cette liaison d'un mauvais œil car il avait déjà des vues sur Mona. Obsédé par l'idée de nuire à Forbes, MacDonald décide de lui tendre un piège, aidé par Bill et Mona.
L'homme d'affaires Iwabuchi est sur le point de marier sa fille à son secrétaire. Alors que la cérémonie est toute proche, il se retrouve mêlé à une sombre affaire de pots de vin au sein même de sa société. Miura, l'un des membres de la firme, est accusé par la police et se suicide. Quant à Wada, également pointé du doigt par les forces de l'ordre, il a été kidnappé par Nishi, le gendre d'Iwabuchi, qui demande la vérité sur le suicide de son père...
Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
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